Порядок отражения в бухгалтерском учете НДС определен Инструкцией, утвержденной приказом Минфина от 01.07.97 г. № 141.

В соответствии с п. 1.2 указанной инструкции суммы налоговых обязательств отражаются налогоплательщиками по кредиту субсчета 641 "Расчеты по налогам" аналитического счета "Расчеты по НДС" в корреспонденции с дебетом субсчета 643 "Налоговые обязательства", в частности, в случае превышения обычной цены продажи товаров, работ, услуг, необоротных активов над фактической ценой.

Минфин в письме от 07.05.2013 г. № 31-08410-07/23-1524/2/1696 рекомендует в данном случае одновременно с этой записью осуществить также запись по дебету субсчета 949 "Прочие расходы операционной деятельности" в корреспонденции с кредитом субсчета 643 "Налоговые обязательства". То есть НДС, начисленный на сумму превышения себестоимости (или цены приобретения  товаров/услуг) над ценой реализации, в бухгалтерском учете отражается записями Дт 643 -  Кт 641 НДС и Дт 949 - Кт 643.